Возможны два способа предотвращения проблем, связанных с одновременной работой нескольких копий приложения:
В любом случае в стартовом коде Вашей программы следует проверить выполнение нескольких копий.
Запуск нескольких экземпляров параллельно не всегда нежелателен. Например, если такая возможность предусмотрена разработчиком, разные копии приложения могут взаимодействовать между собой или совместно использовать ресурсы.